Misaki Suzuhara se rend à Tokyo pour habiter chez sa tante. À la gare centrale, elle assiste sur un écran géant à un combat entre deux anges. Il s’agit de poupées qui renferment une technologie incroyable. Elles sont façonnées à l’image de leur créateur, qui les contrôle à distance sur le Layer, l’aire de combats. Misaki se prend au jeu et crée son ange, Lumina. Elle le fait participer à des duels, après un seul entraînement. Misaki rencontre alors un étrange personnage, It’chann, qui la conseille dans les compétitions.